本案主要包含「C填區永久護岸工程」、「S01~S05碼頭後線公共設施工程」及「S04~S05碼頭工程」等三大主體工程，工程主要工作項目為：
一、「壹、C填區南側永久護岸工程」：包含840m長、水深-6.0m之永久護岸(含操船水域浚挖填築)、以及後線道路與公共設施。
二、「貳、S01~S05碼頭後線公共設施工程」：新增北側S01~S05碼頭後線道路及公共設施、含既有C填區臨時圍堤拆除、浚挖填築、S01~S03碼頭作業區地質改良…等。
三、「參、S04~S05碼頭工程」：新增北側2席S04~S05碼頭(水深 -16.0m、長610m)(含操船水域浚挖至-16m)、後線水域填築及與S03碼頭銜接段施作。
其中「S01~S05碼頭後線公共設施工程」及「S04~S05碼頭工程」須配合他標(物流倉儲三、四期圍堤工程)二期中隔堤沉箱回收安放後施作。