本案主要包含「C填区永久护岸工程」、「S01~S05码头後线公共设施工程」及「S04~S05码头工程」等三大主体工程，工程主要工作项目为：
一、「壹、C填区南侧永久护岸工程」：包含840m长、水深-6.0m之永久护岸(含操船水域浚挖填筑)、以及後线道路与公共设施。
二、「贰、S01~S05码头後线公共设施工程」：新增北侧S01~S05码头後线道路及公共设施、含既有C填区临时围堤拆除、浚挖填筑、S01~S03码头作业区地质改良…等。
三、「参、S04~S05码头工程」：新增北侧2席S04~S05码头(水深 -16.0m、长610m)(含操船水域浚挖至-16m)、後线水域填筑及与S03码头衔接段施作。
其中「S01~S05码头後线公共设施工程」及「S04~S05码头工程」须配合他标(物流仓储三、四期围堤工程)二期中隔堤沉箱回收安放後施作。